Như thông lệ hàng năm, tất cả học sinh và giới chức trường THCS-PT Nam Mỹ đều được khám sức khỏe tổng quát – tức là toàn diện - đầu năm học, trong thời gian hai tuần lễ (từ 14 đến 26/ 09/ 2009). Nhà trường chịu trách nhiệm chi trả toàn bộ các khoản phí này cho phòng khám Liên Tâm- 67 Liên tỉnh 5, P.5, Q.8 cùng địa bàn khu vực của trường. Đây là đơn vị được cấp phép đạt tiêu chuẩn quy định của Sở Y tế TPHCM và cũng là đơn vị đã ký kết hợp đồng chăm sóc sức khỏe toàn diện cho học sinh và giới chức nhà trường.